Микола Іванович Козюбра брав участь у розгляді важливої справи за конституційним поданням 46 народних депутатів України щодо відповідності Конституції України Постанови Верховної Ради України «Про Закон України «Про порядок проведення виборів депутатів міської, районних у місті Києві рад та міського голови у місті Києві». Підставою для розгляду справи стала наявність спору щодо конституційності зазначеної Постанови Верховної Ради України в частині призначення виборів міського голови в місті Києві. Справа характеризується своєю резонансністю та беззаперечною актуальністю для громадянського суспільства, адже йдеться про вибори депутатів міських рад та міського голови у столиці. Крім того, ця справа була розглянута першим складом Конституційного Суду України у кількості 16 суддів. 17 грудні 1997 року Верховна Рада видала Постанову, що призначила чергові вибори депутатів місцевих рад та сільських, селищних, міських голів на 29 березня 1998 року. Ці вибори мали проводитися на підставі Закону «Про вибори депутатів місцевих рад та сільських, селищних, міських голів», який було прийнято лише 14 січня 1998 року. 16 січня того ж року Верховна Рада прийняла Закон «Про порядок проведення виборів депутатів міської, районних у місті Київ рад та міського голови у місті Києві», проте цей закон не набрав чинності. А вже 6 лютого 1998 року Верховна Рада видає Постанову «Про порядок проведення виборів депутатів міської, районних у місті Києві рад та міського голови у місті Києві». Суб’єкт права на конституційне подання вважає, що ця постанова суперечить частині другій статті 140 Конституції України, згідно з якою здійснення місцевого самоврядування у містах Києві та Севастополі має свої особливості, а також статті 118 Конституції України, згідно з якою виконавчу владу в містах Києві та Севастополі здійснюють місцеві державні адміністрації, голови яких не обираються населенням, а призначаються на посаду і звільняються з посади Президентом України. Також суб’єкт слушно зазначає, що порядок проведення виборів для обрання міських голів у містах Києві та Севастополі повинні визначатися не постановою, а законом. Зі свого боку Голова Верховної Ради наголосив на тому, що частина друга статті 141 Конституції України є нормою прямої дії, яка поширюється на всі міста України, зокрема й на Київ та Севастополь, а отже, "особливості здійснення місцевого самоврядування", передбачені частиною другою статті 140 Конституції України, автори конституційного подання неправомірно тлумачать як "особливості проведення виборів міського голови", а це не випливає зі змісту Конституції України та Закону України "Про вибори депутатів місцевих рад та сільських, селищних, міських голів". Також Голова ВРУ зазначає, що автори конституційного подання помилково ототожнюють також терміни "здійснення виконавчої влади" та "здійснення місцевого самоврядування". Конституційний Суд дійшов висновку, що постановою дійсно підтверджується дата проведення виборів депутатів місцевих рад, зокрема міських і районних рад у містах Києві та Севастополі, що відповідає пункту 8 розділу XV "Перехідні положення" Конституції України. Проте питання проведення виборів міських голів у містах Києві та Севастополі повинно визначатися лише законами України (пункт 20 частини першої статті 92 Конституції України). Таким чином, Конституційний Суд України визнав неконституційною Постанову Верховної Ради України «Про Закон України «Про порядок проведення виборів депутатів міської, районних у місті Києві рад та міського голови у місті Києві». Цим рішенням КСУ фактично обмежив дискреційні повноваження Верховної Ради України, оскільки вона не повинна була приймати постанову з питань проведення виборів у містах Києві та Севастополі. Такі питання є предметом виключного регулювання законом. Таким чином КСУ по суті захистив демократичні умови формування влади у цих містах. 59